1、倉儲企業的定位問題。一方面是市場定位的同質化，二是發展目標的同質化。在市場定方面，許多倉儲企業服務的領域、存儲的貨物明顯趨同，綜合的通用的（主要是生活日用品）多，專業的專用的（ 冷庫 、危險品以及服裝 、醫藥、生鮮食品等 ）少；為生產企業提供產成品倉儲服務的多，為生產企業提供零部件倉儲、為零售企業提供倉儲配送的少；為傳統流通體系（生產與批發）服務的多，為電子商務服務的少。
2、倉儲增值服務問題。許多倉儲企業仍然只能提供倉庫出租、或進出庫管理及裝卸等基本服務，只能為貨主保管商品、不能控制商品庫存；收費方式單一，多數仍是按面積計算倉租，按貨位、按進出倉庫的包裝件、按貨物價值等計費的很少；倉庫內的流通加工形不成規模，服務不到位；商品配送的方式單一、規模較小、不能產生經濟效益，為生產企業單一品種送貨的多，為零售企業與末端客戶提供多廠、多店的整體配送的少。
3、設備與技術應用問題。信息系統、貨架與叉車是現代倉儲作業的最基本設施。近年來，隨著立體倉庫的增加，貨架與叉車的使用率正逐年提高，但平地堆碼、人工搬運仍然較普遍，許多企業仍然沒有信息系統，即使有系統也只是代替了紙質臺賬的作用，沒有庫存管理與控制的功能。