出庫作業流程主要是：接單審單—系統分配- 分揀備貨—發貨—復核—交接—單據處理—銷賬確認。
盤點作業流程主要是：制訂盤點計劃—盤點實物—實物與標簽核對—盤點表與系統賬務進行復核—計算庫存準確率；
賬務處理主要目的是對每一次進出庫作業、質量狀態以及數量的改變進行實時記錄，并將相關憑證分類進行整理歸檔保存或數據備份。
倉儲管理還涉及到相關的安全管理、養護管理、倉庫建筑設施的維護管理、倉庫區域標識管理和異常情況管理。作為第三方物流企業的管理過程將會結合委托方的需求，結合自身管理要求統籌管理。如：SHE (安全、健康、環境) 管理、6S(整理、整頓、清掃、清潔、素養、安全) 管理、GMP (良好的制造與實踐) 管理、ISO 等要求進行過程管理。其途徑仍是圍繞在以上基本作業流程上進行，其要求和側重點存在一定程度的區別。
(二) 第三方物流企業倉儲管理指標
衡量第三方物流企業倉儲管理的主要指標有：庫存準確率(數量/ 狀態) 、盤點按時完成率、進出倉操作、報表制作情況、單證、輸單/ 記帳等。其中庫存準確率(數量/ 狀態) 是最核心最基本的指標。
倉儲管理需要通過下表各項指標進行控制：
另外，衡量第三物流企業倉儲管理的指標還包括：裝卸速度、備貨和分揀效率和準確率等。
(三) 第三方物流企業倉儲管理的組織結構
第三方物流企業倉儲管理作業包括裝卸搬運、庫存與補充、包裝、流通加工、信息處理等，單純以一個客戶為中心的作業流程設計并不復雜，而對多家用戶的物流作業流程設計和改造，就是一個比較復雜的問題，因此作業流程將改變原有企業組織機構中的許多理念，影響物流企業倉儲管理部門的設置和職能的劃分。
與人員基礎結構一樣，新流程對技術的要求也必須在這一階段給予考慮，特別是在所要求的技術同現有技術的差別較大的情況下。要努力克服傳統體制到來的一系列問題，建立以信息系統為架構的新的技術平臺，并從企業整體角度而不是改造單個業務流程的角度來考慮技術的需求。
由于我國現代物流發展起步較晚，在企業組織創新中物流組織創新相對落后，多數企業仍然采取直線職能制甚至分散式的物流組織結構，保持著傳統模式下的倉儲管理方式，成本高，反應靈敏度差，物流效益低下，嚴重削弱了企業市場競爭能力，物流組織創新勢在必行。
