自動化設備屬于固定資產，投資巨大，若對未來預測不準，倉儲單量下滑，必然造成項目投資浪費，倉儲單量上升，設備規模太小又滿足不了需要，直接面對更大的一筆自動化擴容支出；相對于人工可以召之即來，揮之即去的靈活性來說，優勢并不明顯。
6、公司內部各運作系統是否有能力匹配影響自動化順利實施。
訂單系統，庫存管理系統，輸送系統，叉車導航系統等等及其數據交換網絡連接，包括信號強度（尤其在壓力下）是否能一直保持實時透明度，以及應急預案。是否能在目前的生產環境和要求中戰略性地預見未來長期的環境模式和策略，輸送系統承重/尺碼的容忍度，逆向物流的處理，系統的升級空間等等，都很考驗設計者和實施者。
有人曾參觀過一家采用AS/RS的民企物流中心，這套設備幾千萬，老總在用模擬視頻給你播放介紹自己倉儲中心自動化程度，感覺就企業“不差錢，相當有錢。”但走一圈下來，實際很不一樣，設備確實很先進，揀貨自動而迅速，對于需要拆箱的散貨，工人和設備配合得也不錯，但是由貨運公司的貨車跟不上，出貨dock也很少，揀好的貨物在出貨區堆積如山，設備不得不停下來，工人也只能在邊聊天邊等著裝車，所以不能讓自動化設備在倉庫某一個節拍上異軍突起，整個倉庫的節奏平衡也很重要。
7、設施設備管理能力及供應商的管理能力同樣影響自動化是否順利實施。
比如響應時間，服務成本，協調配合度。越是自動庫，潛在瓶頸會越多，與通常只需要建造廠商的定期維修相比，日常預防措施和測試就成了必備的功課，目前國內此類服務供應商的能力和可選擇范圍也會成為一個挑戰。
8、人員的培訓，維護和紀律執行同樣是自動化必須面對的挑戰。
自動化是一把雙刃劍：一方面要求經培訓的熟手來操作，另一方面卻要求人作重復的機械式動作，要求人在操作時有如機器一般紋絲不差的頻率，幅度，以現在90后勞動力大軍的特性來看，尋找合適的運作團隊是管理者的一大挑戰。
9、對安全的認知程度也在影響自動化的進程。
歐美成熟老牌企業認為“安全”在倉儲中心永遠是第一需要考慮的。國內一些歐美企業，即使計算出來的投資回報率很難看，一些跨國企業在中國成立倉儲中心，無論從設計還是運行多少會帶上國外總部的倉庫影子，參考其全球倉儲中心的設計標準及要求，比如NIKE在太倉的物流中心設計中按照LEED綠色標準設計的，也獲得了鉑金認證，投資回報率在安全面前“退居二線”。
