ERP系統是通過財務的思維模式對企業資源進行訂單化管理，面向用戶的是業務體系；而MES更依靠中控系統和數據采集系統實現生產過程的批次控制，面向用戶的是生產體系。也就是說，ERP系統主要告訴我們需要生產什么產品以及這些產品所需的原輔料資源，而MES主要負責監控和管理生產這些產品的每一個步驟和工序如何實現。整個生產通過MES連通起來，而業務部門全部通過ERP系統連通起來。由于系統之間不同的層級定位，造成每個系統都具備相對獨立的基礎數據、業務流程和關鍵數據，打通不同系統之間的技術壁壘當然可以通過ESB（企業服務總線）的方式來解決，但打通業務壁壘就不是如此簡單了。ERP系統和MES兩大體系，由于其管理導向不同，生產訂單和生產批次存在屬性差異，其實并沒有真正聯系起來。例如，在原料投料時，ERP系統根據生產訂單從庫房向車間轉入BOM（物料清單），但并不能知道該訂單是哪個生產批次，經過什么生產路線，配置什么工藝參數；而MES系統則不知道該生產批次屬于哪個訂單，BOM的具體組成物料是什么。所以當ERP系統生成生產訂單后，MES在生產過程中會發生與計劃偏差的事項（比如設備故障、原輔材料不合格等）。但是這些信息ERP系統是無法感知的，所以它會繼續按照原本的計劃執行訂單，時間久了，業務系統中的信息和工廠的實際情況就會出現非常大的偏差。